Objetivo: Avaliar a segurança da produção de alimentos em escolas atendidas pelo Programa Nacional de Alimentação Escolar, em Salvador (BA). Métodos: Realizou-se um estudo transversal, com aplicação de formulários elaborados com base na Resolução de Diretoria Colegiada no 216/04 da Agência Nacional de Vigilância Sanitária/Ministério da Saúde, em amostra estratificada formada por 235 escolas atendidas pelo Programa Nacional de Alimentação Escolar, contemplando a rede estadual e municipal de ensino da cidade de Salvador. No formulário, os itens avaliados apresentavam pontuação diferenciada em função do grau de risco associado à segurança dos alimentos. De acordo com a pontuação obtida, as escolas foram classificadas em cinco grupos em relação à condição higiênico-sanitária: crítico; insatisfatório; regular; bom e excelente. Resultados: Na avaliação global de adequação, 57,0% (134) das unidades apresentaram condições insatisfatórias, 42,6% (100) regulares e 0,4% (1) boa. Os itens que mais contribuíram para o baixo desempenho estão relacionados aos seguintes blocos: edificação, instalações, equipamentos, móveis e utensílios; higienização; abastecimento de água; manipuladores de alimentos; preparo dos alimentos e exposição do alimento preparado para consumo. Em condição intermediária de atendimento ficaram os blocos controle integrado de vetores e pragas urbanas, manejo de resíduos e matérias-primas, ingredientes e embalagens. Conclusão: Verificou-se elevado nível de não conformidade quanto ao atendimento dos requisitos sanitários vigentes, o que evidencia falhas na segurança da produção da alimentação escolar. Os resultados indicam a necessidade de adoção de medidas corretivas com vistas a reduzir riscos à saúde das crianças assistidas e aumentar a eficiência do Programa Nacional de Alimentação Escolar, no município de Salvador (BA).