Introdução A gestão dos recursos financeiros do Programa Nacional de Alimentação Escolar (PNAE) destinados à aquisição de alimentos, incluindo produtos da agricultura familiar, pode ser realizada de forma centralizada (pelo estado ou prefeitura), escolarizada (pela escola), ou mista (estado ou prefeitura e a escola). Objetivo Descrever e analisar as características da implementação da compra da agricultura familiar, de acordo com as modalidades de gestão do Programa de Alimentação Escolar e características dos municípios do estado de São Paulo. Métodos Estudo descritivo transversal, com análise quantitativa, envolvendo uma amostra de 25 municípios de São Paulo que compraram produtos da agricultura familiar em 2012 para a alimentação escolar. Em 2013, foram realizadas entrevistas com a autoridade escolar e uma merendeira das 105 escolas sorteadas nesses municípios. Foram analisadas as características da implementação da compra da agricultura familiar relacionadas ao conhecimento da Lei 11.947/2009 e divulgação do processo de compras com a comunidade escolar, ao apoio institucional, à entrega e variedade dos alimentos. Para a descrição da implementação foram utilizadas frequências absolutas e relativas e, para verificar associação, o Teste Qui-quadrado de Pearson e Teste exato de Fisher, com nível de significância de p<0,05. Resultados - Dos 25 municípios, 20 (80 por cento ) tinham gestão centralizada e 5 (20 por cento ) gestão escolarizada ou mista. Sobre a implementação da compra da agricultura familiar e as modalidades de gestão do PNAE, o percentual de responsáveis escolares que conheciam a Lei 11.947/2009 foi maior na gestão centralizada (p=0,010); o percentual de divulgação do processo de compras nas escolas foi maior na gestão escolarizada ou mista (p=0,010); não foi encontrada associação entre ações de apoio institucional e a gestão do PNAE; apenas 35 por cento dos municípios de gestão centralizada atingiram a utilização mínima de 30 por cento dos recursos do PNAE com a compra da agricultura familiar, enquanto todos de gestão escolarizada ou mista atingiram o mínimo (p=0,015). Sobre a implementação e características dos municípios, foram encontradas as seguintes associações: divulgação do processo de compras nas escolas com o número de alunos (p=0,038) e o PIB do município (p=0,020); orientação sobre o manejo dos alimentos ao responsável escolar e porte municipal (p=0,011), número de escolas públicas (p=0,040) e PIB (p=0,003); ocorrência de treinamento com merendeiras e porte do município (p=0,005); maior variedade de alimentos recebidos da agricultura familiar e o porte (p=0,027), número de alunos (p=0,025), área territorial (p=0,025) e IDHM (p=0,001). A utilização do mínimo de 30 por cento dos recursos do PNAE na compra da agricultura familiar foi associada com: divulgação do processo de compras da agricultura familiar (p=0,003), realização de melhorias na estrutura da cozinha (p=0,039), treinamento com merendeiras (p=0,020) e maior variedade de alimentos da agricultura familiar recebidos nas escolas (p=0,004); não houve associação com características municipais. Conclusões A gestão centralizada da alimentação escolar foi a mais prevalente nos municípios de São Paulo. Algumas características da implementação da compra da agricultura familiar para a alimentação escolar foram associadas ao tipo de gestão do PNAE e a características dos municípios.